Pembentukan MAN Insan Cendekia berawal atas kebutuhan sumberdaya manusia yang memiliki kualifikasi tinggi akan ilmu pengetahuan maupun teknologi dan sejalan dengan keimanan maupun ketaqwaan. Prof. Dr. Ing. B. J. Habibie menginisiasi lewat BPPT ( Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi ) membentuk STEP ( Science and Teknology Equity Program ).

Tujuan STEP adalah penyetaraan program ilmu pengetahuan dan teknologi untuk sekolah dilingkungan pesantren. Pada tahun 1996, STEP melekatkan nama SMU Insan Cendekia sebagai nama lembaga pendidikan. STEP memilih lokasi di Serpong ( Banten ) dan Gorontalo.