Pembentukan MAN Insan Cendekia berawal atas kebutuhan sumberdaya manusia yang memiliki kualifikasi tinggi akan ilmu pengetahuan maupun teknologi dan sejalan dengan keimanan maupun ketaqwaan. Prof. Dr. Ing. B. J. Habibie menginisiasi lewat BPPT ( Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi ) membentuk STEP ( Science and Teknology Equity Program ).

Tujuan STEP adalah penyetaraan program ilmu pengetahuan dan teknologi untuk sekolah dilingkungan pesantren. Pada tahun 1996, STEP melekatkan nama SMU Insan Cendekia sebagai nama lembaga pendidikan. STEP memilih lokasi di Serpong ( Banten ) dan Gorontalo.

Rancangan model pendidikan STEP mengambil filosofi magnet school. Lembaga pendidikan ini mampu menarik sekolah sekitarnya untuk terpacu dalam prestasi dan menyiapkan calon pemimpin masa depan bangsa .Pada tahun 2000, BPPT melimpahkan menejerial SMU Insan Cendekia ke Departemen Agama RI.

Alih tata kelola ini mengubah nama SMU menjadi MAN Insan Cendekia, meskipun demikian, ciri dan karakter pendidikan STEP tetap melekat dan tidak berubah. Untuk memperluas semangat Insan Cendekia , pemerintah melalui Kementerian Agama RI mendirikan Delapan MAN Insan Cendekia yang merupakan replikasi MAN Insan Cendekia yang sudah ada yaitu di Serpong, Gorontalo dan Jambi.

Pada tahun 2013, Provinsi Papua Barat merupakan salah satu lokasi yang dibangun MAN Insan Cendekia dengan mengambil lokasi di sorong sebagai barometer

Pendidikan di bumi cenderawasih kemidian diberi Nama MAN Insan Cendekia Sorong.MAN IC Sorong dibangun diatas lahan seluas 9 Ha yang merupakan HIBAH dari Pemerintah Kabupaten Sorong dan saat ini sedang dalam proses pembangunan dan telah dioprasikan untuk kegiatan belajar mengajar Tahun Pelajaran 2016 /2017. Madrasah Aliyah Negeri Insan Cendekia Sorong berdiri pada tanggal 23 Agustus 2016. Momen tanggal 23 Agustus 2016 diambil sebagai hari lahir MAN Insan Cendekia Sorong karena pada waktu itu merupakan saat 8 MAN Insan Cendekia diresmikan Menteri Agama Republik Indonesia Bapak Lukman Hakim Saifuddin dan Penetapan kenegerian ke-8 MAN Insan Cendekia, yaitu MAN IC Sorong ,MAN IC Kota Palu, MAN IC Batam, MAN IC Bengkulu, MAN IC Tanah Laut, MAN IC Sambas, MAN IC Padang Pariaman dan MAN IC Kota Kendari.

MAN IC Sorong merupakan unit pelaksana teknis bidang pendidikan berbentuk satuan pendidikan madrasah jenjang pendidikan menengah pada jalur pendidikan formal pada Kementerian Agama, berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Pendidikan Islam. MAN Insan Cendekia Sorong dibangun atas kerjasama yang baik antara Pemerintah Kab.Sorong, Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Papua Barat dan Kementerian Agama RI. Lokasi MAN Insan Cendekia Sorong Jalan Insan Cendekia SP.4 Kelurahan Makbalim distrik mayamuk Kabupaten Sorongn dengan luas tanah kurang lebih 9 hektar yang merupakan tanah hibah dari pemerintah Kabupaten Sorong.

Sesuai dengan perjanjian, pemerintah Kabupaten Sorong harus menyediakan lahan dan pematangan lahan, menyediakan infrastruktur jalan, listrik,sarana air bersih dan Pagar Keliling. Pihak Kanwil Kemenag Provinsi Papua Barat menyeleksi tenaga kependidikan dan mengawal pembangunan fisik. Sedangkan dari Kemenag pusat menyediakan dana pembangunan fisik serta menyeleksi tenaga pendidik.

MAN Insan Cendekia secara sadar dibangun karena dorongan kebutuhan ideal, yaitu menghasilkan lulusan pendidikan tingkat menengah berbasis ke-Islaman yang kuat di bidang Iman dan Takwa (IMTAK), akhlak mulia, ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK), dan seni budaya, untuk menjawab tantangan yang dihadapi masyarakat dewasa ini. Upaya menuju keseimbangan yang unggul, perpaduan antara kecerdasan intelektual, emosional, spiritual, dan social adalah cita-cita yang hendak dicapai dari program pendidikan MAN Insan Cendekia, dengan model berasrama (boarding school) telah menunjukkan sejumlah keberhasilan yang menakjubkan dapat bersaing dengan sekolah pada umumnya.